Cinestream3.0.1ではフィルターを追加したり長さを変えたりしたところはこんな風にマークが付き(APトラックに付いてる黄色の二重線がそれです)
Update Video/Audio Trackを実行するとその部分を再度レンダリングしてくれます。ただし、これ、例えばフィルタを挿入してその長さやかける部分を動かした時に最初のフィルタを挿入した時点で付いてしまいますので、その後の変更でレンダリングの必要のない部分にもマークが付きっぱなしになってUpdate Video/Audio Trackを実行するとレンダリングされてしまうのと、既に存在するフィルターのパラメータを変更した時にはupdateマークは付かないのでOverWriteで再度レンダリングさせる必要があります。人によっては中途半端な機能ですので不要な方はPreference -> General Preferencesの
Use Auto-Update render modeのチェックボックスを外してください。